Dass alle Tools unterschiedliche Daten oder Anzahlen an Backlinks anzeigen ist definitiv so.
Insbesondere die kostenlosen Checker greifen noch auf ältere Daten von Yahoo (Site Explorer) zurück, viele anderen Basic-Tools ziehen sich per API die Daten eines größeren Anbieters.
Welches Tools für dich das richtige ist, hängt auch davon ab für welche Seiten (Sprache, Land, etc.) du suchst.
Willst du wirklich aktuelle Daten haben, empfehle ich dir sitefactor. Kann dazu noch vieles andere, was die SEO-technisch weiterhilft.
Xovi ist ok, wobei bezüglich Aktualität kanns nicht ganz mit sitefactor mithalten.
Seolytics bietet nützliche Filtermöglichkeiten der Backlinks an ...
Bei den kostenlosen Backlinktools sind die goldenen Zeiten nach dem Ende des YSE leider vorbei.
Kostenlos testen kannst du z.B. noch Linkdex (1 Monat lang) ...